一是明確提出新冠肺炎的診斷原則，即：根據流行病學史、臨床表現、實驗室檢查等進行綜合分析，作出診斷。新型冠狀病毒核酸檢測陽性為確診的首要標準。未接種新型冠狀病毒疫苗者新型冠狀病毒特異性抗體檢測可作為診斷的參考依據。接種新型冠狀病毒疫苗者和既往感染新型冠狀病毒者，原則上抗體不作為診斷依據。
二是在確診病例診斷標準中更加強調新冠病毒核酸檢測結果的重要性。將“實時熒光 RT-PCR 檢測新型冠狀病毒核酸檢測陽性”與“病毒基因測序與已知的新型冠狀病毒同源”兩條診斷標準整合為“新型冠狀病毒核酸檢測陽性”。
三是對抗體診斷適用對象進行了限定。在疑似病例診斷中，近期接種過新冠病毒疫苗者的相關抗體檢測結果不作為參考指標；在確診病例診斷中，抗體診斷僅適用于“未接種新冠疫苗者”。在此基礎上，修訂版診療方案對確診病例的抗體診斷內容進行了簡化，更加方便實際操作。四是進一步強調了預防接種對疾病防控的重要性，指出“接種新型冠狀病毒疫苗是預防新型冠狀病毒感染、降低發病率和重癥率的有效手段，符合接種條件者均可接種”。
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